单位扣毕业证可申请劳动仲裁或举报。依据《劳动法》，单位无权扣押员工毕业证，此行为违法。不及时处理可能影响个人就业及职业发展。
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常见处理方式为举报至劳动局或申请仲裁。若单位拒绝归还，可先尝试与单位沟通协商；无果后，再向劳动局举报或提起劳动仲裁，根据具体情况选择。
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单位扣毕业证需索回。操作：1.尝试与单位沟通，要求归还；2.沟通无果，向劳动局举报单位违法行为；3.若举报无效，准备材料申请劳动仲裁，要求归还毕业证并赔偿损失。