政府直接在耕地上栽树，若未经农民同意则不合法。依据《土地管理法》，农民对耕地有使用权，政府不得擅自改变耕地用途。若政府强行栽树，将侵犯农民权益，可能导致土地退化，影响农民生计。
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政府擅自在耕地栽树不合法。农民应先与政府沟通，表达不满并寻求解决方案。若沟通无果，可咨询律师，了解维权途径，并准备相关证据材料。必要时，向法院提起诉讼，维护自身合法权益。
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处理此类问题，农民可与政府协商或提起诉讼。若政府行为合法但未征询意见，可选择协商；若政府行为违法，农民应收集证据，通过法律途径维权，选择提起诉讼。