亲生父亲与女儿发生不正当关系致怀孕，法律将严肃处理。依据《民法典》，此行为违背婚姻制度，虽不一定构成犯罪，但会受社会谴责。若不及时处理，将对家庭关系、社会伦理造成极大破坏，甚至引发更多法律问题。
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法律上，处理此类问题可协商或诉讼离婚。因这种情形属夫妻感情破裂，可与配偶沟通协商离婚事宜；若协商不成，则可向法院提起诉讼离婚，由法院依法判决。
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应离婚。处理方式如下：1.协商离婚：与配偶坦诚沟通，就财产分割、子女抚养等问题达成一致，签订离婚协议。2.诉讼离婚：若协商无果，向法院提起诉讼，提交相关证据，由法院依法审理并判决离婚。此过程需注重保护受害方权益。